时钟源为什么会影响性能

发表于 3年以前 | 总阅读数：326 次

前几天帮同事看问题时，意外的发现了时钟源影响性能的 case, 比较典型，记录一下。网上也有人遇到过，参考虾皮的[Go] Time.Now函数CPU使用率异常[1] 和 Two frequently used system calls are ~77% slower on AWS EC2[2]

本质都是由 vdso fallback 到系统调用，所以慢了，但是触发这个条件的原因不太一样。我最后的分析也可能理解有误，欢迎一起讨论并指正。

另外，配图的意思是知道这些就可以了，往下看没球用 :(

现象

上图是 perf 性能图，可以发现 __clock_gettime 系统调用相关的耗时最多，非常诡异。

// time_demo.go
// strace -ce clock_gettime go run time_demo.go
package main

import (
    "fmt"
    "time"
)

func main(){
    for i := 0; i < 10; i++{
        t1 := time.Now()
        t2 := time.Now()
        fmt.Printf("Time taken: %v\n", t2.Sub(t1))
    }
}

上图是最小复现 demo, 直接查看 time.Now() 函数的耗时。使用 strace -ce 来查看系统调用的统计报表

~# strace -ce clock_gettime go run time_demo.go
Time taken: 1.983µs
Time taken: 1.507µs
Time taken: 2.247µs
Time taken: 2.993µs
Time taken: 2.703µs
Time taken: 1.927µs
Time taken: 2.091µs
Time taken: 2.16µs
Time taken: 2.085µs
Time taken: 2.234µs
% time     seconds  usecs/call     calls    errors syscall
------ ----------- ----------- --------- --------- ----------------
100.00    0.001342          13       105           clock_gettime
------ ----------- ----------- --------- --------- ----------------
100.00    0.001342                   105           total

上面是有问题的机器结果，可以发现大量的系统调用 clock_gettime 产生。

~# strace -ce clock_gettime go run time_demo.go
Time taken: 138ns
Time taken: 94ns
Time taken: 73ns
Time taken: 88ns
Time taken: 87ns
Time taken: 83ns
Time taken: 93ns
Time taken: 78ns
Time taken: 93ns
Time taken: 99ns

上面是正常性能机器的结果，耗时是纳秒级别的，快了几个量级。并且没有任何系统调用产生。可以想象一下，每个请求，不同模块都要做大量的 P99 统计，如果 time.Now 自身耗时这么大那这个服务基本不可用了。

有问题机器系统调用函数样子如下：

clock_gettime(CLOCK_MONOTONIC, {tv_sec=857882, tv_nsec=454310014}) = 0

测试内核是 5.4.0-1038

time.Now()

来看一下 go time.Now 的实现

// src/runtime/timestub.go
//go:linkname time_now time.now
func time_now() (sec int64, nsec int32, mono int64) {
 sec, nsec = walltime()
 return sec, nsec, nanotime()
}

time 只暴露了函数的定义，实现是由底层不同平台的汇编实现，暂时只关注 amd64, 来看下汇编代码

// src/runtime/sys_linux_amd64.s
// func walltime1() (sec int64, nsec int32)
// non-zero frame-size means bp is saved and restored
TEXT runtime·walltime1(SB),NOSPLIT,$8-12
......
noswitch:
 SUBQ $16, SP  // Space for results
 ANDQ $~15, SP // Align for C code

 MOVQ runtime·vdsoClockgettimeSym(SB), AX
......

那么问题来了，vdso 是什么？

系统调用

首先说，大家都知道系统调用慢，涉及陷入内核，上下文开销。但是到底多慢呢？

上图是系统调用和普通函数调用的开销对比，参考 [Measurements of system call performance and overhead](http://arkanis.de/weblog/2017-01-05-measurements-of-system-call-performance-and-overhead, Measurements of system call performance and overhead), 可以看到，getpid 走系统调用的开销远大于通过 vdso 的方式，而且也远大于普通函数调用。

vdso (virtual dynamic shared object) 参考 vdso man7[3], 本质上来说，还是因为系统调用太慢，涉及到上下文切换，少部分频繁使用的系统调用贡献了大部分时间。所以把这部分，不涉及安全的从内核空间，映射到用户空间。

x86-64 functions
   The table below lists the symbols exported by the vDSO.  All of
   these symbols are also available without the "__vdso_" prefix,
   but you should ignore those and stick to the names below.
    symbol                 version
     ─────────────────────────────────
    __vdso_clock_gettime   LINUX_2.6
    __vdso_getcpu          LINUX_2.6
    __vdso_gettimeofday    LINUX_2.6
    __vdso_time            LINUX_2.6

上面就是 x86 支持 vdso 的函数，一共 4 个？不可能这么少吧？来看一下线上真实情况的

~# uname -a
Linux 5.4.0-1041-aws #43~18.04.1-Ubuntu SMP Sat Mar 20 15:47:52 UTC 2021 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
~# cat /proc/self/maps | grep -i vdso
7fff2edff000-7fff2ee00000 r-xp 00000000 00:00 0                          [vdso]

内核版本是 5.4.0, 通过 maps 找到当前进程的vdso, 权限是r-xp，可读可执行但不可写，我们可以直接把他dump出来看看。先在另一个 session 执行 cat, 等待输入，然后用 gdb attach

~# ps aux | grep cat
root      9869  0.0  0.0   9360   792 pts/1    S+   02:18   0:00 cat
root      9931  0.0  0.0  16152  1100 pts/0    S+   02:18   0:00 grep --color=auto cat

~# cat /proc/9869/maps | grep -i vdso
7ffe717e6000-7ffe717e7000 r-xp 00000000 00:00 0                          [vdso]
~# gdb /bin/cat 9869
...........
(gdb) dump memory /tmp/vdso.so 0x7ffe717e6000 0x7ffe717e7000
(gdb) quit

再查看符号表

~# file /tmp/vdso.so
/tmp/vdso.so: ELF 64-bit LSB shared object, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, BuildID[sha1]=17d65245b85cd032de7ab130d053551fb0bd284a, stripped
~# objdump -T /tmp/vdso.so

/tmp/vdso.so:     file format elf64-x86-64

DYNAMIC SYMBOL TABLE:
0000000000000950  w   DF .text 00000000000000a1  LINUX_2.6   clock_gettime
00000000000008a0 g    DF .text 0000000000000083  LINUX_2.6   __vdso_gettimeofday
0000000000000a00  w   DF .text 000000000000000a  LINUX_2.6   clock_getres
0000000000000a00 g    DF .text 000000000000000a  LINUX_2.6   __vdso_clock_getres
00000000000008a0  w   DF .text 0000000000000083  LINUX_2.6   gettimeofday
0000000000000930 g    DF .text 0000000000000015  LINUX_2.6   __vdso_time
0000000000000930  w   DF .text 0000000000000015  LINUX_2.6   time
0000000000000950 g    DF .text 00000000000000a1  LINUX_2.6   __vdso_clock_gettime
0000000000000000 g    DO *ABS* 0000000000000000  LINUX_2.6   LINUX_2.6
0000000000000a10 g    DF .text 000000000000002a  LINUX_2.6   __vdso_getcpu
0000000000000a10  w   DF .text 000000000000002a  LINUX_2.6   getcpu

为什么这么麻烦呢？因为这个 vdso.so 是在内存中维护的，并不像其它 so 动态库一样有对应的文件。

说了这么多，所以问题来了，为什么有了 vdso, 获取时间还要走系统调用呢？？？

时钟源

关于时钟源，下面的引用来自于 muahao

内核在启动过程中会根据既定的优先级选择时钟源。优先级的排序根据时钟的精度与访问速度。其中CPU中的TSC寄存器是精度最高（与CPU最高主频等同），访问速度最快（只需一条指令，一个时钟周期）的时钟源，因此内核优选TSC作为计时的时钟源。其它的时钟源，如HPET, ACPI-PM，PIT等则作为备选。但是，TSC不同与HPET等时钟，它的频率不是预知的。因此，内核必须在初始化过程中，利用HPET，PIT等始终来校准TSC的频率。如果两次校准结果偏差较大，则认为TSC是不稳定的，则使用其它时钟源。并打印内核日志：Clocksource tsc unstable.

正常来说，TSC的频率很稳定且不受CPU调频的影响（如果CPU支持constant-tsc）。内核不应该侦测到它是unstable的。但是，计算机系统中存在一种名为SMI（System Management Interrupt）的中断，该中断不可被操作系统感知和屏蔽。如果内核校准TSC频率的计算过程quick_ pit_ calibrate ()被SMI中断干扰，就会导致计算结果偏差较大（超过1%），结果是tsc基准频率不准确。最后导致机器上的时间戳信息都不准确，可能偏慢或者偏快。

当内核认为TSC unstable时，切换到HPET等时钟，不会给你的系统带来过大的影响。当然，时钟精度或访问时钟的速度会受到影响。通过实验测试，访问HPET的时间开销为访问TSC时间开销的7倍左右。如果您的系统无法忍受这些，可以尝试以下解决方法：在内核启动时，加入启动参数：tsc=reliable

内核实现

1. 各类时钟源注册

参考 linux insides[4] timers 一节，可以看到各个时钟源调用 clocksource_register_khz 进行注册，分别看 tsc 和 xen

static int __init init_tsc_clocksource(void)
{
 ......
 if (boot_cpu_has(X86_FEATURE_TSC_KNOWN_FREQ)) {
  if (boot_cpu_has(X86_FEATURE_ART))
   art_related_clocksource = &clocksource_tsc;
  clocksource_register_khz(&clocksource_tsc, tsc_khz);
......
}

static struct clocksource clocksource_tsc = {
 .name                   = "tsc",
 .rating                 = 300,
 .read                   = read_tsc,
 .mask                   = CLOCKSOURCE_MASK(64),
 .flags                  = CLOCK_SOURCE_IS_CONTINUOUS |
      CLOCK_SOURCE_VALID_FOR_HRES |
      CLOCK_SOURCE_MUST_VERIFY,
 .archdata               = { .vclock_mode = VCLOCK_TSC },
 .resume   = tsc_resume,
 .mark_unstable  = tsc_cs_mark_unstable,
 .tick_stable  = tsc_cs_tick_stable,
 .list   = LIST_HEAD_INIT(clocksource_tsc.list),
};

查看 clocksource_tsc 时钟源的 vclock_mode 是 VCLOCK_TSC

static void __init xen_time_init(void)
{
......
 clocksource_register_hz(&xen_clocksource, NSEC_PER_SEC);
......
}

static void xen_setup_vsyscall_time_info(void)
{
......
 xen_clocksource.archdata.vclock_mode = VCLOCK_PVCLOCK;
}

查看 xen 时钟源的 vclock_mode 是 VCLOCK_PVCLOCK

2. 时钟源与 timekeeper

那么问题来了，clocksource 是如何与 vdso_data 关联的呢？这里面比较复杂，参考 linux内核中的定时器和时间管理[5] 和 vdso段数据更新, 定位到 /kernel/time/tick-common.c 的 timekeeping_update 函数，由它负责将定时器更新到用户层的 vdso 区。

/* must hold timekeeper_lock */
static void timekeeping_update(struct timekeeper *tk, unsigned int action)
{
......
 update_vsyscall(tk);
 update_pvclock_gtod(tk, action & TK_CLOCK_WAS_SET);
......
}

void update_vsyscall(struct timekeeper *tk)
{
 struct vdso_data *vdata = __arch_get_k_vdso_data();
 struct vdso_timestamp *vdso_ts;
 s32 clock_mode;
 u64 nsec;

 /* copy vsyscall data */
 vdso_write_begin(vdata);

 clock_mode = tk->tkr_mono.clock->vdso_clock_mode;
 vdata[CS_HRES_COARSE].clock_mode = clock_mode;
 vdata[CS_RAW].clock_mode  = clock_mode;

 /* CLOCK_REALTIME also required for time() */
 vdso_ts  = &vdata[CS_HRES_COARSE].basetime[CLOCK_REALTIME];
 vdso_ts->sec = tk->xtime_sec;
 vdso_ts->nsec = tk->tkr_mono.xtime_nsec;

 /* CLOCK_REALTIME_COARSE */
 vdso_ts  = &vdata[CS_HRES_COARSE].basetime[CLOCK_REALTIME_COARSE];
 vdso_ts->sec = tk->xtime_sec;
 vdso_ts->nsec = tk->tkr_mono.xtime_nsec >> tk->tkr_mono.shift;

 /* CLOCK_MONOTONIC_COARSE */
 vdso_ts  = &vdata[CS_HRES_COARSE].basetime[CLOCK_MONOTONIC_COARSE];
 vdso_ts->sec = tk->xtime_sec + tk->wall_to_monotonic.tv_sec;
 nsec  = tk->tkr_mono.xtime_nsec >> tk->tkr_mono.shift;
 nsec  = nsec + tk->wall_to_monotonic.tv_nsec;
 vdso_ts->sec += __iter_div_u64_rem(nsec, NSEC_PER_SEC, &vdso_ts->nsec);

 /*
  * Read without the seqlock held by clock_getres().
  * Note: No need to have a second copy.
  */
 WRITE_ONCE(vdata[CS_HRES_COARSE].hrtimer_res, hrtimer_resolution);

 /*
  * If the current clocksource is not VDSO capable, then spare the
  * update of the high reolution parts.
  */
 if (clock_mode != VDSO_CLOCKMODE_NONE)
  update_vdso_data(vdata, tk);

 __arch_update_vsyscall(vdata, tk);

 vdso_write_end(vdata);

 __arch_sync_vdso_data(vdata);
}

static void update_pvclock_gtod(struct timekeeper *tk)
{
 struct pvclock_gtod_data *vdata = &pvclock_gtod_data;
 u64 boot_ns;

 boot_ns = ktime_to_ns(ktime_add(tk->tkr_mono.base, tk->offs_boot));

 write_seqcount_begin(&vdata->seq);

 /* copy pvclock gtod data */
 vdata->clock.vclock_mode = tk->tkr_mono.clock->archdata.vclock_mode;
 vdata->clock.cycle_last  = tk->tkr_mono.cycle_last;
 vdata->clock.mask  = tk->tkr_mono.mask;
 vdata->clock.mult  = tk->tkr_mono.mult;
 vdata->clock.shift  = tk->tkr_mono.shift;

 vdata->boot_ns   = boot_ns;
 vdata->nsec_base  = tk->tkr_mono.xtime_nsec;

 vdata->wall_time_sec            = tk->xtime_sec;

 write_seqcount_end(&vdata->seq);
}

static void update_pvclock_gtod(struct timekeeper *tk)
{
 struct pvclock_gtod_data *vdata = &pvclock_gtod_data;
 u64 boot_ns;

 boot_ns = ktime_to_ns(ktime_add(tk->tkr_mono.base, tk->offs_boot));

 write_seqcount_begin(&vdata->seq);

 /* copy pvclock gtod data */
 vdata->clock.vclock_mode = tk->tkr_mono.clock->archdata.vclock_mode;
 vdata->clock.cycle_last  = tk->tkr_mono.cycle_last;
 vdata->clock.mask  = tk->tkr_mono.mask;
 vdata->clock.mult  = tk->tkr_mono.mult;
 vdata->clock.shift  = tk->tkr_mono.shift;

 vdata->boot_ns   = boot_ns;
 vdata->nsec_base  = tk->tkr_mono.xtime_nsec;

 vdata->wall_time_sec            = tk->xtime_sec;

 write_seqcount_end(&vdata->seq);
}

上面的截图来自 arm vdso 实现，和 x86 的类似。

然后再看一下 timekeeper 和 clocksource 是如何对应的呢？在 timekeeping_init 函数里

void __init timekeeping_init(void)
{
 struct timespec64 wall_time, boot_offset, wall_to_mono;
 struct timekeeper *tk = &tk_core.timekeeper;
 struct clocksource *clock;
......
 clock = clocksource_default_clock();
 if (clock->enable)
  clock->enable(clock);
 tk_setup_internals(tk, clock);
...
}

这是初始化时的函数，每当时钟源变更时，会调用 change_clocksource 切换。

3. 如何调用时间函数

// linux/lib/vdso/gettimeofday.c
static __maybe_unused int
__cvdso_clock_gettime(clockid_t clock, struct __kernel_timespec *ts)
{
 int ret = __cvdso_clock_gettime_common(clock, ts);

 if (unlikely(ret))
  return clock_gettime_fallback(clock, ts);
 return 0;
}

static __always_inline
long clock_gettime_fallback(clockid_t _clkid, struct __kernel_timespec *_ts)
{
 long ret;

 asm ("syscall" : "=a" (ret), "=m" (*_ts) :
      "0" (__NR_clock_gettime), "D" (_clkid), "S" (_ts) :
      "rcx", "r11");

 return ret;
}

先直接看 fallback 逻辑，好嘛，直接是汇编的 syscall 调用，注意这里汇编是和平台相关的，这个代码是 x86. 这里 unlikely 是做分支预测的，后面的事情大概率不会发生，如果 ret 不为 0, 说明 vdso 获取时间失败，那么来看下什么时候 __cvdso_clock_gettime_common 会失败。

static __maybe_unused int
__cvdso_clock_gettime_common(clockid_t clock, struct __kernel_timespec *ts)
{
 const struct vdso_data *vd = __arch_get_vdso_data();
 u32 msk;

 /* Check for negative values or invalid clocks */
 if (unlikely((u32) clock >= MAX_CLOCKS))
  return -1;

 /*
  * Convert the clockid to a bitmask and use it to check which
  * clocks are handled in the VDSO directly.
  */
 msk = 1U << clock;
 if (likely(msk & VDSO_HRES)) {
  return do_hres(&vd[CS_HRES_COARSE], clock, ts);
 } else if (msk & VDSO_COARSE) {
  do_coarse(&vd[CS_HRES_COARSE], clock, ts);
  return 0;
 } else if (msk & VDSO_RAW) {
  return do_hres(&vd[CS_RAW], clock, ts);
 }
 return -1;
}

这里只看 do_hres 实现

static int do_hres(const struct vdso_data *vd, clockid_t clk,
     struct __kernel_timespec *ts)
{
 const struct vdso_timestamp *vdso_ts = &vd->basetime[clk];
 u64 cycles, last, sec, ns;
 u32 seq;

 do {
  seq = vdso_read_begin(vd);
  cycles = __arch_get_hw_counter(vd->clock_mode);
  ns = vdso_ts->nsec;
  last = vd->cycle_last;
  if (unlikely((s64)cycles < 0))
   return -1;

  ns += vdso_calc_delta(cycles, last, vd->mask, vd->mult);
  ns >>= vd->shift;
  sec = vdso_ts->sec;
 } while (unlikely(vdso_read_retry(vd, seq)));

 /*
  * Do this outside the loop: a race inside the loop could result
  * in __iter_div_u64_rem() being extremely slow.
  */
 ts->tv_sec = sec + __iter_div_u64_rem(ns, NSEC_PER_SEC, &ns);
 ts->tv_nsec = ns;

 return 0;
}

__arch_get_hw_counter 会根据 clock_mode 求出 cycles 值，这是一个 u64 类型，如果转成 s64 为负数，那就返回 -1, 此时会触发 fallback 系统调用逻辑。

static inline u64 __arch_get_hw_counter(s32 clock_mode)
{
 if (clock_mode == VCLOCK_TSC)
  return (u64)rdtsc_ordered();
 /*
  * For any memory-mapped vclock type, we need to make sure that gcc
  * doesn't cleverly hoist a load before the mode check.  Otherwise we
  * might end up touching the memory-mapped page even if the vclock in
  * question isn't enabled, which will segfault.  Hence the barriers.
  */
#ifdef CONFIG_PARAVIRT_CLOCK
 if (clock_mode == VCLOCK_PVCLOCK) {
  barrier();
  return vread_pvclock();
 }
#endif
#ifdef CONFIG_HYPERV_TIMER
 if (clock_mode == VCLOCK_HVCLOCK) {
  barrier();
  return vread_hvclock();
 }
#endif
 return U64_MAX;
}

static u64 vread_pvclock(void)
{
 ......
 do {
  version = pvclock_read_begin(pvti);

  if (unlikely(!(pvti->flags & PVCLOCK_TSC_STABLE_BIT)))
   return U64_MAX;

  ret = __pvclock_read_cycles(pvti, rdtsc_ordered());
 } while (pvclock_read_retry(pvti, version));

 return ret;
}

这里判断如果 flags 里没有 PVCLOCK_TSC_STABLE_BIT 标记，则返回 U64_MAX, 来看一下什么时候没有这个标记

static int kvm_guest_time_update(struct kvm_vcpu *v)
{
......
 u64 tsc_timestamp, host_tsc;
  struct kvm_arch *ka = &v->kvm->arch;
 u8 pvclock_flags;
 bool use_master_clock;
  ......
  use_master_clock = ka->use_master_clock;
  ......
  if (use_master_clock)
  pvclock_flags |= PVCLOCK_TSC_STABLE_BIT;
}

/*
 *
 * Assuming a stable TSC across physical CPUS, and a stable TSC
 * across virtual CPUs, the following condition is possible.
 * Each numbered line represents an event visible to both
 * CPUs at the next numbered event.
 */
static void pvclock_update_vm_gtod_copy(struct kvm *kvm)
{
......
 ka->use_master_clock = host_tsc_clocksource && vcpus_matched
    && !ka->backwards_tsc_observed
    && !ka->boot_vcpu_runs_old_kvmclock;
......
}

也就是说，如果宿主机使用了 tsc clocksource, 并且没有观察到时钟回退现象，那么就设置 use_master_clock 为 true, 否则为 false.

所以问题来了，我们这台机器是机器学习 aws p3.2xlarge, 怀疑是和宿主机有关，试了下其它 c5 系列的都己经不支持 xen clocksource 了(仅支持 tsc kvm-clock acpi_pm)，同时 kvm-clock 源测试也支持 vdso, 参考官方玩转GPU实例 blog[6], 最新的虚拟化技术 Nitro 己经没有这个问题了。

分析来分析去，我可能分析个寂寞。。。

修复

当然对于老的硬件，或是内核还是有必要修复的

~# cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/available_clocksource
xen tsc hpet acpi_pm
~# cat /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/current_clocksource
xen

查看当前时钟源是 xen, 只需要将 tsc 写入即可。

~# echo tsc > /sys/devices/system/clocksource/clocksource0/available_clocksource

但是还有种情况，就是内核将 tsc 标记为不可信 Clocksource tsc unstable, 这时只能重启内核了。或是在启动内核时，指定 tsc=reliable, 参考 manage-ec2-linux-clock-source[7]

GRUB_CMDLINE_LINUX="console=tty0 crashkernel=auto console=ttyS0,115200 clocksource=tsc tsc=reliable"

然后用 grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg 生成 grub.cfg 配置文件

小结

这次分享就这些，以后面还会分享更多的内容。

参考资料

[1][Go] Time.Now函数CPU使用率异常: https://mp.weixin.qq.com/s/D2ulLXDFpi0FwVRwSQJ0nA,

[2]Two frequently used system calls are ~77% slower on AWS EC2: https://blog.packagecloud.io/eng/2017/03/08/system-calls-are-much-slower-on-ec2/,

[3]vdso man7: https://man7.org/linux/man-pages/man7/vdso.7.html,

[4]linux insides: https://0xax.gitbooks.io/linux-insides/content/Timers/linux-timers-2.html,

[5]linux内核中的定时器和时间管理: https://garlicspace.com/2020/06/07/linux%E5%86%85%E6%A0%B8%E4%B8%AD%E7%9A%84%E5%AE%9A%E6%97%B6%E5%99%A8%E5%92%8C%E6%97%B6%E9%97%B4%E7%AE%A1%E7%90%86-part-7/,

[6]官方玩转GPU实例 blog: https://aws.amazon.com/cn/blogs/china/using-rekognition-realize-serverless-intelligent-album-playing-with-gpu-instance-iii-system-optimization/,

[7]manage-ec2-linux-clock-source: https://aws.amazon.com/premiumsupport/knowledge-center/manage-ec2-linux-clock-source/,